O alto Limpopo é caracteristicamente plano com kopjes e colinas pequenas que não se elevam acima de 200 metros do nível geral e dos cumes alongados ocasionais de estratos mais resistentes que formam o único relevo local.

O relevo é mais pronunciado no extremo sudeste onde o quartzo da Sequência de Transvaal, que forma os cumes do Magaliesberg e do Witwatersrand, foi cortado profundamente pelo rio a profundidades de até 600 metros. Na parte oriental da porção central da bacia, o Planalto de Waterberg forma uma outra área de relevo mais pronunciado.

Grandes porções das partes central e ocidental da Bacia do Limpopo (especialmente nas sub-captações do Shingwedzi e do Letaba) têm muito pouca ou fraca drenagem e, normalmente, são consideradas endoreicas (escoando internamente). Estas áreas são frequentemente marcadas pela formação de salinas onde a chuva se acumula e evapora. Estas áreas geralmente estão sujeitas a processos de desgaste mecânico (físico), contrastando com a predominância de processos de desgaste químico nas regiões húmidas, onde nasce a maior parte dos afluentes.

A porção moçambicana da Bacia do Limpopo é caracterizada por um relevo suavemente ondulante com numerosos pequenos afluentes e charcos formando a parte do sistema de drenagem do Chagane. Este afluente nasce perto da fronteira entre Zimbabwe e Moçambique, corre através da planície litoral de Moçambique e se junta ao Rio Limpopo muito próximo da sua foz, nas proximidades da cidade de Xai-Xai. Um cinturão de solos de textura pesada, ligando os sistemas do Limpopo e do Incomati, sugere que, antigamente, o Limpopo também desaguava no Oceano Índico através da Baía de Maputo.

Um cinturão contínuo de areias litorais de largura variável ocorre na zona adjacente à costa. O limite oriental destas areias litorais é, geralmente, caracterizado por uma série de dunas altas paralelas à costa que, normalmente, atingem a sua elevação mais alta próximo do interior da marca da maré-alta. Atrás dessas dunas ocorrem áreas de depressão com barreiras lacustres e dunas relacionadas.