O processo de reforma e expansão do sistema realizam-se num contexto em que o próprio sector da educação está a sofrer os efeitos de um fenómeno que ameaça deitar por terra as conquistas registadas desde o relançamento do sector no pós-guerra e forçar uma reformulação das estratégias e programas.

Trata-se da eclosão da epidemia do HIV/SIDA, cujos efeitos gerais na sociedade moçambicana, e no sector da educação em particular foram discutidos no Capítulo 4. Esta epidemia, que afecta milhões de moçambicanos, vai forçar o sector a um esforço adicional de organização e estruturação para garantir que os seus efeitos negativos sejam minimizados. Estima-se que 1,2 milhões de moçambicanos estejam infectados pelo vírus. O SIDA provocou o aumento desproporcional no número de óbitos no país e, segundo estimativas oficiais, a epidemia terá originado o aumento dramático no número de órfãos.

O grande desafio face ao HIV/SIDA é que a educação será chamada a desempenhar um papel de relevo em qualquer estratégia nacional para conter o alastramento da epidemia, numa altura em que o próprio sector estará a ser fustigado pela epidemia.

Estimativas preliminares apontam para a possibilidade de o sector vir a perder 17% do seu pessoal. Isto representa 9.200 professores e 123 gestores seniores. A região Centro do país, que concentra o maior número de professores, vai perder a maior proporção de educadores, cerca de 23%.

O HIV/SIDA vai, portanto, impor mudanças profundas na educação. O sector deve preparar-se para acomodar a perda eventual de quadros ao nível de docentes e gestores, com elevados custos em meios humanos e materiais.

A perda de pessoal induzida pela epidemia vai ser extensiva a outros sectores económicos e sociais. Esta situação irá expor a educação às investidas de outros sectores económicos que tentarão compensar as perdas de quadros vítimas do SIDA, alicidando docentes e gestores da educação com ofertas de condições que o sector público da educação dificilmente poderá replicar. Urge encontrar mecanismos para se precaver contra o provável agravamento da drenagem de quadros da educação para outros sectores, que pode criar um ciclo vicioso e minar o potencial de desenvolvimento do país a médio e longo prazos.
Parte considerável da população escolar vai ser constituída por órfão cujos progenitores terão sucumbido devido à epidemia. Em 1999, o número de crianças órfãs provocadas pelo SIDA era estimado em 258.000. As crianças órfãs carecerão de cuidados especiais de educação para ultrapassarem os traumas daí decorrentes, e o sistema terá de se preparar devidamente para prover. Isto vai requerer uma formação especícifca que habilite os educadores a lidarem adequadamente com as necessidades especiais desta categoria de alunos.

Os custos financeiros da epidemia do HIV/SIDA no sector da educação são estimados em US$ 110,5 milhões de dólares adicionais em 10 anos, excluindo as despesas de prevenção. O montante adicional será despendido na assistência medicamentosa, formação de professores adicionais, pagamento de pensões de sangue e engloba também custos de ineficiência derivados do agravamento dos índices de repetência e de desistências que já são substancialmente elevados.