A epidemia do HIV/SIDA irá reduzir a eficiência e aumentar os custos em todo o sistema de educação. Espera-se que custos adicionais excedam 1.900 biliões de Meticais (cerca de US$ 110,5 milhões de dólares) nos próximos 10 anos. Isto representa custos adicionais ao sistema correspondentes a cerca de 6,9% dos gastos actuais. Este é uma estimativa conservadora dado que alguns dos custos não podem ser quantificados com base na informação disponível e porque se assume que o Ministério da Educação não vai certamente absorver os custos associados às actividades de prevenção do HIV/SIDA no sector.

Grande parte destes custos resulta da assistência medicamentosa e pensões de sangue para as famílias das vítimas do SIDA (750 biliões de Meticais) e, em menor grau, aumentos de custos na formação de professores (187 biliões de Meticais). Existem também custos associados com o aumento da ineficiência no sistema, muito notavelmente o aumento de taxas de desistência e repetência (936 biliões de Meticais). Uma vez que a educação recebe cerca de 16% do Orçamento Geral do Estado, estas perdas terão um impacto substancial na capacidade do Estado de cobrir estas despesas adicionais.